ABSTRACT
Introdução: O adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) é uma doença agressiva responsável no Brasil por 2% das neoplasias e 5% das mortes por câncer. A análise do exoma parte do DNA que codifica as proteínas permite identificar as variantes somáticas do tumor e as germinativas do paciente. Essa informação é necessária para implementar a terapia-alvo para o PDAC, pois fornece evidência para selecionar, ou excluir, tratamentos para a doença. Objetivo: Identificar as variantes de interesse clínico e farmacológico presentes no PDAC de quatro pacientes, por meio da técnica de sequenciamento total do exoma(WES). Método: Foram utilizados dados públicos de quatro amostras de pares tumor-normal de PDAC, localizados na cabeça do pâncreas de pacientes caucasianos, estádio T3N1M0, sequenciadas e publicizadas pelo Texas Cancer Research Biobank. Para identificar as variações somáticas e germinativas, utilizou-se o software GATK. As consequências clínicas e farmacológicas dessas variações foram anotadas por meio do software VEP e analisadas mediante o softwareestatístico R. Resultados: Dos quatro tumores, um possui variante estrutural com duplicação do gene AKT2; outro, variantes nos genes da via das ciclinas CDK14 e CDKN2C, o que altera o regime quimioterápico; na linhagem germinativa, um paciente tem variantes no gene XRCC1, que sugere aumento da resposta à platina. Conclusão: Embora a patologia classifique todos os tumores como PDAC, cada paciente bem como o respectivo tumor apresenta especificidades que afetam o diagnóstico e as possibilidades terapêuticas. O WES permite identificá-las a um custo baixo, o que amplia as possibilidades de tratamento do PDAC.
ntroduction: The prevalence of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) in Brazil is around two percent of all neoplasms. It is an aggressive disease responsible for five percent of all deaths by cancer. The analysis of exome part of the DNA encoding the proteins allows the identification of tumor-specific variants and the patient polymorphism. This information is necessary to implement target therapy for PDAC, as it provides evidence to select, or exclude, PDAC treatments. Objective: Identify the somatic and germinative variants of clinical and pharmacological interest in the PDAC for four patients through the whole-exome sequencing technique (WES). Method: Public sequencing exome data published by Texas Cancer Research Biobank were utilized, from four tumor-normal samples pair of PDAC located in the pancreas head of Caucasian patients, T3N1M0 stage. To identify somatic and germinative variations, the GATK software was adopted. Furthermore, these variants were noted with their clinical and pharmacological information through the VEP software and its consequences were analyzed through the statistical software R. Results: Of the four tumors, one has a structural variant with duplication of the AKT2 gene; another, changes in the pathway of cyclins CDK14 and CDKN2C. Both findings alter the chemotherapy regimen; in the germline, one patient has variants in the XRCC1 gene, which suggests increased response to platinum. Conclusion: Although the pathology classifies all tumours as PDAC, each patient as well as their respective tumor shows specificities that affect the diagnosis and therapeutic possibilities. WES allows to identify them at a low cost, expanding the treatment possibilities of PDAC.
Introducción: El adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) es una enfermedad agresiva que causa en Brasil 5% de las muertes por cáncer. El análisis del exoma parte del ADN que codifica las proteínas permite la identificación de mutaciones específicas del tumor, así como los polimorfismos del paciente. Esta información es necesaria para implementar la terapia dirigida para PDAC. Objetivo: Identificar las variaciones de interés clínico y farmacológico presentes en el PDAC de cuatro pacientes, mediante la técnica secuenciación del exoma completo (WES). Método: Se utilizaron datos públicos de cuatro muestras de pares de tumores normales (T-N) de PDAC, localizados en la cabeza del páncreas de pacientes caucásicos, estadio T3N1M0, secuenciadas y publicadas por Texas Cancer Research Biobank. Para identificar las variaciones somáticas y germinativas, se utilizó el softwareGATK. Se observaron las consecuencias clínicas y farmacológicas de estas variaciones a través del software VEP. Y analizadas sus consecuencias a través del software estadístico R. Resultados: De los cuatro tumores, uno tiene una variante estructural con duplicación del gen AKT2; otro, cambios en la vía de las ciclinas CDK14 y CDKN2C, que altera el régimen de quimioterapia; en el linaje germinal, un paciente tiene variantes en el gen XRCC1, lo que sugiere una mayor respuesta al platino. Conclusión: Aunque la patología clasifica todos los tumores como PDAC, cada paciente así como el tumor respectivo presenta especificidades que afectan el diagnóstico y las posibilidades terapéuticas. WES le permite identificarlos a un bajo costo, lo que amplía las posibilidades de tratamiento de PDAC